分支持联省自治运动。1920年秋，他看到“湘、川皆以恢复故土为号。余既议湘、川同盟，知军z.府必不支，则以自治同盟为说”，于是“抵长沙，以联省自治说其人士”。在长沙期间，章太炎发表演讲，陈述自己对于联省自治
主张。他认为：“从前中国，都是中央集权，各省财产生命权，都操在中央手中，试看民国成立以来，甚
总统制、内阁制，无不利用外交，把各省财产卖个干净，要免除中央专制，非行联邦制不可。”可见，他之所以主张联省自治，主要出发点是批判长期由北洋集团把持中央政权为
巩固权势而不断与列强签订条约或协议，出卖中国利益。在这个问题上，各省却没有制衡能力。为避免北洋集团继续干卖国勾当，需要用各省来分其权。不过章太炎也承认，各省长期由大小军阀控制，所以“这军政长官何从选出，却也是个大问题”。“现在既行自治，那
班武人，实在无法制裁他。”对此，他给出方案是：“鄙意面削小武人兵权，面还须武人自身有觉悟，这自治才有真精神。”
1920年11月，章太炎在长沙发表《联省自治虚置z.府议》，进步申说己意。他指出，为结束民国以来军阀混战，“自今以后，各省人民宜自制省宪法，文武大吏，以及地方军队，并以本省人充之；自县知事以至省长，悉由人民直选；督军则由营长以上各级军官会推。令省长处省城，而督军居要塞，分地而处，则军民两政自不相牵。其有跨越兼坼称巡阅使或联军总司令者，斯皆割据之端，亟宜划去”。
此外，他认为：“近世所以致乱者，皆由中央z.府权藉过高，致总统、总理二职，为夸者所必争，而得此者，又率归于军阀。”要想杜绝这现象，则需“虚置中央z.府，但令有颁给勋章、授予军官之权，其余切，毋得自擅”。尤有近者，“军政则分于各省督军，中央不得有兵骑。外交条约则由各该省督军、省长副署，然后有效”。他相信这样制度设计可以实现“z.府虽存，等于虚牝，自无争位攘权之事”。
1921年初，章太炎复向其他省份联省自治支持者喊话，声称要制止辛亥g,m以来政治乱象，需“地方权重而中央权轻”。他特别强调，联省自治与联省z.府不同，前者是由本省民众选举本省人充当军、警、民诸部门长官，是在各省自治基础上联合；后者则“只求各省附己，而不问该省长官军警是否本省人所充，是否本省人所举，借大名以胁小民，援,bao客而侮土著，其势有所必至”。不久之后，他基于这立场，给熊克武、刘湘、赵恒惕、顾品珍等西南军阀发电报，强调不能混淆联省z.府与联省自治，要想实现后目标，需要各省军阀把自己军队从邻省撤走，不能在本省大谈联省自治，对邻省则希图占领。
1921年6月，盘踞浙江军阀卢永祥也宣布筹划联
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