兼士、钱玄同等人陆续进入北大任教。当时在北京大学预科念书
陶希圣就回忆：“民国初年北京文史学界泰斗都出于太炎先生之门。”1916年蔡元培担任校长后，聘请刘师培、周作人进入北大，让与章太炎在清末颇有往来陈独秀担任文科学长，使北大章门力量越发壮大。胡适初来北大，不但得到
陈独秀赏识，并且很快与钱玄同建立联系。
胡适虽然长期自诩深得带有极强美国特色实用主义哲学之神髓，但在撰写其博士论文《先秦名学史》时，他却经常参考章太炎著作。在给友人许怡荪信里，他自言今世研究先秦诸子者，“其真能得诸子学精华者，惟章太炎先生”。并说虽然自己不完全照搬章太炎结论，但“适治诸子得太炎先生所著书之助力不少”。不久之后，胡适给许怡荪写信，让后者帮他在国内搜集章太炎著作供自己参考。收到许怡荪寄来书后，胡适又对他说，自己把章太炎论诸子学著作“细细圈读之”，虽然“颇费功夫，而所得不少”。回国之后，胡适将《先秦名学史》略作改动，更名为《中国哲学史大纲（卷上）》出版。从内容上看，这本书不少篇幅确实与章太炎在《国故论衡》里论诸子学部分颇为相似。无怪乎钱穆晚年直言胡适此书“称述先秦诸子，大体因承章氏《国故论衡》之意，惟文言、白话有所不同而已”。在此背景下，胡适到北大后，很自然地主动与章太炎门生打成
片。
置诸当时背景，胡适在《文学改良刍议》里提倡白话文，批判文言文，虽然对章太炎表彰魏晋文章也有冲击，但更主要针对对象是北大文科里桐城派。加之章太炎自己在清末也于《教育今语杂志》上发表过不少白话文，因此，胡适主张很快得到章门高足钱玄同与朱希祖响应。不过，在另位章门高足黄侃看来，胡适鼓吹白话文及白话文背后新思潮，会对中国传统造成极大危害，因此必须坚决反对。后来北大学生效仿《新青年》创办《新潮》，黄侃便支持那些与自己立场相近学生创办《国故》以抗衡。听闻黄侃等人言行后，章太炎在给吴承仕信中谈道：“颇闻宛平大学又有新文学、旧文学之争，往者季刚辈与桐城诸子争辩骈散，仆甚谓不宜。老成攘臂未终，而浮薄子又从旁出。无异元祐党人之召章蔡也。”不久之后他又对吴承仕说：“所称北都现象，令人发笑。然非蔡孑民辈浮浪之说所能平也。”或许是此时正忙于劝说西南军阀参与护法运动，或许是对先前自己门生与桐城派斗法印象犹存，章太炎觉得黄侃等人没必要与提倡新文学之士般见识。在他看来，新文学实乃“浮薄”之像，不值驳。从文化与政治角度来看，章太炎未能意识到新文学对于文化普及与政治动员巨大意义，新文学背后不仅是新思潮传播，更是在召唤新政治力量。不过从学术角度看，章太炎此论却不能说全无道理。19
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