世凯监禁期间对《訄书》进行
较大幅度
修改。包括删掉
些在他看来已经意义不大，或者观点已经改变文章，增加些他在辛亥g,m之后，尤其是在被袁世凯监禁期间写文章，对些保留篇目进行改写，其中既涉及增加内容，也涉及观点变化。这次修改版本《检论》，堪称章太炎学术思想总结之作。该书卷收录《原人》《原变》《序种姓上下》，章太炎将这些文章置于开篇，意在凸显他对于人类社会进化与生存状况变迁总体认识。些论著常以他发表于清末《俱分进化论》为例，宣称章太炎此后不再信奉进化论。但从《检论》卷篇目可以很清楚看到，在对于人类社会基本认识上，他依然秉持进化论观点，强调如果不能在竞争之世不断完善自
，那
很可能会退化或者被消灭。
《检论》卷二专门讨论经学。他基于以史视经立场，将古代经书视为史书，强调其意义在于记载中国古代历史流变，使中国文化具有重视历史、重视实践、重视人本身价值特点。比如他认为《周易》“记人事迁化，不越其绳，前事不忘，故损益可知也”。其中卦辞并非迷信之语，而是记录古代国家起源与社会制度形成，从中可以考察古人从信鬼神到人文化成变化过程，其性质类似人类社会发展史。对于《尚书》，章太炎承认它经过孔子整理与删改，但孔子秉持标准是“坟丘刻石纪功，虽上世弗能荐信，为是删其矫诬，去其伪辞，归于实录。后之为史取于碑铭者，可以知法禁矣”。如果说孔子之于《尚书》有什值得后人效法地方，那就是孔子以史家之法处理上古文献，保留真实可信者，淘汰不实之词。
清末今古文经学争论焦点问题就是《春秋》性质。今文经学认为《春秋》并非史书，而是孔子阐发微言大义论政之作，从中可窥见孔子为何被称为“素王”。例如晚清今文经学代表人物皮锡瑞就说：“孔子有帝王之德而无帝王之位，晚年知道不行，退而删定‘六经’，以教万世。其微言大义实可为万世之准则。”章太炎则坚持古文经学立场，强调《春秋》是史书，孔子不是宗教家。他指出：“史亡则国性灭，人无宗主，沦为裔夷。”孔子贡献在于“审世系，尽端末，知前代兴废所由”。而“《春秋》作，史道兴”，为中国“存种姓，远殊类”，这是孔子最值得让人纪念功绩。
《检论》卷三主要讨论先秦学术，其中最值得注意还是章太炎如何评价孔子。在重订本《訄书》《订孔》中，章太炎虽然承认孔子是古之良史，但总体上对他评价并不高。在《检论》里，章太炎保留该篇，不过增加不少内容。在新增内容里，章太炎自言他在经历系列世变之后，开始意识到孔子学说价值所在。他认为孔子学说核心内容是忠恕之道。但是不同于历代注家多从道德修养角度解释忠恕，章
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