》，系统批判
康有为与陈焕章等人
孔教思想。他指出，中国文化里向来缺少迷信鬼神传统，更不主张将自己命运寄托于外在、无所不知神灵。中国人对于宗教与神灵态度是高度实用主义，不会像欧洲与近东那样在历史上多次发生宗教战争与教派冲突。章太炎认为，这是中国文化优秀之处，要想弘扬中国文化，应多从这方面来着手：
国民常性，所察在政事日用，所务在工商耕稼。志尽于有生，语绝于无验。人思自尊，而不欲守死事神，以为真宰，此华夏之民，所以为达。视彼佞谀上帝，拜谒法皇，举全国而宗事
尊，且著之典常者，其智愚相去远矣。
中国文化能有这样特质，自然离不开孔子影响。章太炎认为孔子是值得阐扬，但不应该将其教主化，而是应从中国历史自身脉络里理解孔子对于中国文化巨大贡献。在他看来，“孔子所以为中国斗杓者，在制历史，布文籍，振学术，平阶级而已”。这几个方面，使中国具有重视历史、重视总结社会经验、重视人实践思维特征，让中国形成尊文重教传统，把普及教化、传播知识视为非常重要社会活动，致力于实现“人知典常，家识图史”。在此基础上，除少数历史时期，中国社会呈现出比较明显流动性，“民苟怀术，皆有卿相之资”。把儒家宗教化，把孔子教主化，非但不能弘扬中国文化，反而让这些优良品质黯而不彰。据顾颉刚回忆，章太炎在讲学时，专门贴出份公告，让那些已加入孔教会人不要来听讲，因为自己讲学主旨是“开通智识”“昌大国性”，与宗教无涉。
在被监禁期间，章太炎将主要精力用于增删重订本《訄书》。早在辛亥g,m前夕，章太炎就已着手修改《訄书》。钱玄同在1909年9月21日日记里记载：“章师近改订《訄书》，取集中诸文复多加入。惟余意周秦诸子固即为其人之集，但古人交通事少，书札往来乃极罕事，又为人作序及长篇之信辞亦未有，故与人言语均可入子。后人事多于古，似宜分开，以发表意见者为子，而其他著作皆入集部，似为妥洽。”两个月以后，他又在日记中谈道：“至师处还集，师言《訄书》拟改过，将集中诸信札说理之文入之，更名曰《检论》云。集中说小学之文另行归开，此外，如传、序等等无可归类之文，则入集。”现存于北京国家图书馆册章太炎手改本《訄书》，其中目录显示，章太炎确曾计划将1906年以来所写文章与信函加入书中，如致王鹤鸣、刘师培、刘揆等人书札，这与钱玄同在日记中所言相符。但后来出版《检论》，从篇目上看并无书札，皆为就某专题展开讨论文章，征之以钱玄同在日记中所谈文集体例，极有可能情况是，他曾当面向章太炎提及自己想法，最终影响到后者决定在《检论》中不收书札。
相比于1909年，章太炎在被袁
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