7年8月，章太炎与宋恕等人在杭州创办《经世报》。不久之后，章太炎提议发起
个旨在联系同志、扩大政治影响
“兴浙会”。在《兴浙会序》里，章太炎历数浙江历代文化先贤，表彰其学术遗产，这在当时江浙士人圈里本属常见之事。但章太炎还提到
反抗清朝张煌言，认为张煌言抗清失败乃浙江人“隐痛”，这就引发不小争议。《经世报》最早筹办人之胡道南致信宋恕，认为章太炎写《兴浙会序》“欠含蓄”，致使“入会者少”。与此同时，《经世报》刊登则“告白”，公开批评《兴浙会序》用词不当，将内部分歧公之于众，同时暗含与章太炎划清界限之意，章太炎由此愤而离去。
1897年8月，章太炎又开始在创办于上海《实学报》上频繁撰文。《实学报》创办人之是江苏吴县人王仁浚，他和章太炎样曾经受业于俞樾，后入张之洞幕府。他在辑佚学与目录学领域颇有成就，但在戊戌年间，他更为世人所知是其编撰《格致古微》书。这本书广泛征引中国古籍，用强行比附方式“考证”西方自然科学都源自中国。此书堪称晚清“西学中源说”集大成之作，俞樾也为该书作序。或许是因为与章太炎有同门之谊，王仁浚邀请章太炎为《实学报》撰文。章太炎在该报上发表不少分析中国古代学术文章，如《儒道》《儒兵》《儒墨》《儒法》《儒侠》，后经本人修改，收录于《訄书》之中。在发表于该报《后圣》中，章太炎极力表彰荀子学说，认为孔子之后，光大儒家者为荀子，他强调：“同乎荀卿者与孔子同，异乎荀卿者与孔子异。”1897年9月，章太炎在《实学报》上发表《异术》文，认为“三统迭建，王各自为政。仲尼以春王正月莫络之，而损益备矣”。他用今文经学话语来论述变法必要性，或许是想表达自己依然认同康梁变法主张。也正因为这样，由于王仁浚在《实学报》上刊登反对变法文章，章太炎遂不再刊文于该报。在同时期，章太炎还担任创办于上海《译书公会报》主笔，在该报上发表鼓吹多译新书、增进国人见闻言论。
1898年春，章太炎离开上海，赴武昌拜谒当时以开明而稳健自诩湖广总督张之洞。作为清流出身地方大员，张之洞向来喜欢招揽士人，扩充幕府规模。眼见梁启超声名鹊起，张之洞度极意笼络，并给《时务报》捐款。据章太炎自己说，张之洞之所以注意到章太炎，是因为前者也颇为厌恶康有为今文经学，因此希望章太炎来武昌撰写些反驳康有为学术主张文章。而据时在张之洞身边陈衍回忆，张之洞向他询问上海优秀青年士人，陈衍推荐章太炎。开始张之洞还嫌弃章太炎行文古奥，喜用生僻字，但陈衍随即指出章太炎对《左传》颇有研究，这才引起张之洞注意。可见，张之洞之所以招揽章太炎入幕，很可能
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