析理学传统，挖掘其中可被继承之处。当然，黄以周精于史学，其史论于历代典章制度多有发明，这
点也为章太炎所继承。
梁启超说，在清代汉学家
圈子里，“后辈之谒先辈，率以问学书为贽，有著述者则媵以著述。先辈视其可教者，必报书，释其疑滞而奖进之”。谭献在1892年5月与1895年9月日记里记载收到章太炎寄来文章，可见章太炎曾主动向谭献请教学问。在《自述学术次第》文里，章太炎回忆他与谭献交往：“时乡先生有谭君者，颇从问业。谭君为文，宗法容甫、申耆，虽体势有殊，论则大同。”在《自订年谱》中，章太炎也自言在诂经精舍期间曾向“谭仲仪先生问文辞法度”。除
辞章之学，谭献推崇颜元与章学诚，这或许也对章太炎有所影响，因为章太炎后来在提倡“新史学”时就改造章学诚“六经皆史”之论，而他认为颜元谨守礼教、重视实践，堪称荀子之后又位大儒。
在诂经精舍学习期间，章太炎撰写大量治学札记，比如著名《膏兰室札记》和《春秋左传读》。前者是他研究先秦典籍（还包括些后代史书）笔记汇编，后者收录他在诂经精舍时期钻研《左传》笔记。关于清儒重视治学札记原因，梁启超有过颇为精当分析：
大抵当时好学之士，每人必置“札记册子”，每读书有心得则记焉。盖清学祖顾炎武，而炎武精神传于后者在其《日知录》……推原札记之性质，本非著书，不过储著书之资料，然清儒最戒轻率著书，非得有极满意之资料，不肯泐为定本，故往往有终其身在预备资料中者。又当时第流学者所著书，恒不欲有字余于己所心得之外。著专书或专篇，其范围必较广泛，则不免于所心得外摭拾冗词以相凑附，此非诸师所乐，故宁以札记体存之而已……训诂学之模范名著，共推王引之《经传释词》，俞樾《古书疑义举例》。苟察其内容，即可知其实先有数千条之札记，后乃组织而成书。又不惟专书为然耳，即在札记本身中，其精到者，亦必先之以初稿之札记，例如钱大昕发明古书轻唇音，试读《十驾斋养新录》本条，即知其必先有百数十条之初稿札记，乃能产出。
就此而言，从勤于写札记这点来看，章太炎在研究方法上充分继承乾嘉汉学传统。
从内容上看，《膏兰室札记》主要以考订字义为主，兼及研究古代制度、评价历代史事与学风。从这些札记所涉及内容上看，除《诗经》《礼记》《周礼》《仪礼》等儒家典籍，还有先秦诸子著作，这为章太炎后来重新阐释诸子各派思想、形成许多前人所未发观点奠定扎实基础。
此外，1896年章太炎致信俞樾：“举世皆谈西学者，无阮仪征、魏邵阳之识，吾道孤矣。漆室悲时，端忧多暇，复取周秦诸子，笼罩西书，除张力臣《瀛海篇》所疏，又得二十许条，匏瓜徒悬，无裨宙
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