以及
们和微生物
共生关系。[191]
神奇蘑菇和真菌
蘑菇很难归类：传统上人们把它当作蔬菜，但它们其实不是植物，它们需要从其他物质身上获取营养，从这个意义上说，它们更像动物。蘑菇是真菌王国成员，和酵母
样。蘑菇是系列以腐殖质为生并繁衍生息大型真菌总称。除
生存在土壤、植物和水果表面，它们也生活在人体内。蘑菇含有几乎等量蛋白质和碳水化合物，不含脂肪。蘑菇富含硒，这是种抗氧化剂，可以清除细胞中有害物质；蘑菇中也含有维生素B，如果生长过程中接受过阳光照射，有时还含有维生素D。它们很适合和肉类搭配，也可以作为肉替代品，因为会触发舌头上鲜味感受器。通过品尝鲜味，大脑就能知道们吃是营养丰富蛋白质。
真菌也以酵母菌形式生活在肠道中。以前人们认为只有患病时肠道才会有酵母菌，但新基因测序技术表明，在健康人肠道内，酵母菌占（微生物）生物量（biomass）4%——但是人们对肠道酵母菌还几乎无所知。真菌只有在疯狂生长，不受肠道微生物遏制时才会致病。许多真菌在肠道内，与肠道细菌和作为宿主人体和平共处，互惠互利。些替代疗法治疗师常常将些不典型症状误诊为是由念珠菌（candida）异常繁殖所引起，开出各种荒诞无效药方，试图清除原本就存在于体内真菌。正常菌群是抵御大规模真菌感染关键。当面临真菌感染威胁时，细菌或许可以通过将信号传递给免疫系统，从而击退感染。可是在服用抗生素或者免疫功能不全情况下，这微妙平衡就会打破，随之引发例如念珠菌等真菌感染，这种感染常见于口腔和舌头上。
许多女性都患过念珠菌性*d炎。乳酸菌可以控制这种感染，而酸奶中含有乳酸菌，因此网络上常常推荐用酸奶治疗该病。还没有实验证明该疗法有效，不过个澳大利亚研究团队招募270名将要接受抗生素治疗女性，并跟踪观察她们患上念珠菌性*d炎情况，1/4女性患病。研究人员将观察对象分成两组，组给予口服乳酸菌或*d局部使用乳酸菌，另组给予安慰剂。不过结果表明，益生菌对预防感染完全无效。[192]还没有用全脂酸奶涂抹*d来治疗念珠菌性*d炎试验，但即便不能治疗感染，这也有舒缓作用。免疫学家正在研发经过基因修饰乳酸菌菌株，这些菌株可以抵抗*d病毒，减少艾滋（HIV）等病毒感染。[193]*d用酸奶能否成为流行健康用品仍有待验证，不过潜力巨大。
中国人食用蘑菇已经有几百年历史。尽管目前还没有在人身上开展蘑菇功效试验，动物试验已经表明，用蘑菇喂养大鼠6星期，可以增进健康。蘑菇可以增加肠道菌群多样性和肠杆菌种类，对肠道感染和炎症有防护性作用。[194][
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