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困境，对内夯实国基，对外抵御侵略。另
方面，关于地方行政制度，他超越
简单地将中央集权与地方自治二元对立起来做法，而是从中国历代地方行政制度史流变出发，思考如何划分地方行政单位。在他看来，肇始于元代省制在实践当中有诸多不便，既无集权之效，也无分权之利，反而容易造成地方割据。他建议将军事区域与民政区域区分开来，“军府”管辖区域不妨扩大，但不能干涉地方民政，民政区域则必须缩小，把省分为数道，全国共设置六七十道，如此既避免出现尾大不掉地方割据政权，又能在道范围里进行充分而有效治理。他认为，如此这般，“名为中央集权，乃愈促地方进化”。
1918年，在安福系操纵国会选举中，北洋元老徐世昌被推举为总统，实权逐渐掌握在皖系军阀首领段祺瑞手中。先前曾希望通过与段祺瑞合作来获取国会主导地位以梁启超、林长民为代表研究系，在被皖系军阀利用完后脚踢开，梁启超等人政治抱负再次落空。掌握中央大权之后，段祺瑞向日本借款，扩充军力，制造舆论，鼓吹武力统。可是出任总统徐世昌却有自己盘算，他希望平衡各方政治力量，以此巩固自己位置。于是他打着“文治”旗号，宣称要进行南北和谈。与此同时，在湖南前线指挥部队与南方护法军作战北洋集团中直系将领曹锟、吴佩孚等，因不满段祺瑞将湘督之位授予皖系军人张敬尧，于是在前线停战熄火，开始鼓吹用和谈方式解决南北纠纷。同样地，南方护法阵营内部也出现主和之声，主要以岑春煊为代表。而在饱受战乱之苦国内精英阶层眼里，既然南北双方都有和谈意愿，那
当然值得试，这样至少可减少因内战而造成破坏。孙中山虽然希望继续与北洋军作战，但在和谈声音越来越大情形下，由于手无实权，只好勉强答应。
对于南北和谈，章太炎有自己看法。他固然反对南北之间战争不断，但他更反对徐世昌担任总统。在他看来，徐世昌与袁世凯关系紧密，在袁世凯称帝期间态度暧昧，严格说来也是帝制余孽。让这样人担任总统，是对中华民国政治合法性嘲弄。同理，推选徐世昌为总统安福国会，也是冒充民意伪国会。而徐世昌派来与南方护法政权商议和谈朱启钤也曾参与帝制运动，因此没有资格代表北方政权来谈判。对于南方护法政权谈判代表唐绍仪，章太炎则怀疑他与朱启钤串通气，借和谈来巩固徐世昌之位。他主张：“今西南所以自名者，护法也。曩日为保持国会，今国会已集矣。但令世昌退位，伪国会解散已足，不当先论他事。”在给参众两院议员公开信里，章太炎指出：“鄙人以为时至今日，和战两穷，唯有速选总统以绝北人希望。”“若信世昌之才为可以安抚中国者，吾见清、袁两代，皆以徐世昌为宰相而相继灭亡也。亡国大夫而可选
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