宋
欧阳修治学不循名责实，喜师心自用；稍晚于他苏轼则善于用恍惚两可之辞左右逢源，使人受其文辞蛊惑，进而不辨是非真伪。二人流风所及，弊病甚多。宋代以降中国学术日渐衰微，“*文破典，軵靡者众”，学者不再致力于辨名实、审论理，二人应负主要责任。相似地，在《王学》里，章太炎认为王阳明之所以能在明代建立功业，“职其才气过人，而不本于学术”，其事功与学术之间并无紧密关联。此外，他学说中只有“致良知”勉强算独创之见，其他部分则多“采自旧闻，工为集合，而无组织经纬”。比如“人性无善无恶”袭自宋儒胡宏，“知行合
”肇始于程颐，还有些论点则吸收
孔融、阮籍观点。总之，他认为王阳明学问至为浅陋，缺乏深度。章太炎表面上是在批评欧、苏、阳明，实际上是为中国学术前途忧虑，在他看来，“二三四之数绝，而中夏之科学衰”，担心在中国难以培养人们重视逻辑与证据科学思维。既然中国传统学术中较为缺乏论理正名之道，又喜用经不起科学检验主观唯心主义来看问题，那
“不知新圣哲人，持名实以遍诏国民者，将何道也？又不知齐州之学，终已不得齿比于西邻邪？”
在《颜学》里，章太炎指出，明代后期程朱理学流于颓萎，宗尚王学者趋于空洞，无论是程朱理学格物静坐，还是王学提倡致良知，都难以化民成俗。颜元目睹斯景，提倡恢复古之“六艺”，不但坐而言，更要起而行，以求躯体强健，改儒者文弱形象。他身体力行，钻研兵、农、钱、古、工等经世之学，反对静坐空谈。此外，颜元谨守礼教，视听言动无逾矩之举，对道德修养十分重视，所以胜过同样讲求经世之学南宋名士陈亮。他于孝道发自至诚，千里奔走寻生父之墓，同时重视“六艺”中“乐”，这又与虽重视武事，但倡导“兼爱”、厉行“非乐”墨子极不相同。总之，章太炎称赞颜元“形性内刚，孚尹旁达，体骏驵而志齐肃，三代之英，罗马之彦，不远矣”。甚至认为他是荀子以后又大儒。之所以对颜元有如此高评价，除受到谭献等人影响，还和章太炎在清末表彰“儒侠”之道有关，他认为需要用古代侠士作风来医治儒学弊病，而颜元学说与事迹恰好十分符合“儒侠”理想形象。
在《清儒》里，章太炎叙述清代不同学术流派。作为俞樾学生，他对清代汉学评价极高，认为清代宗尚汉学学者“不以经术明治乱，故短于风议。不以阴阳断人事，故长于求是”。他们以实事求是精神治学，“言事，必求其征，虽时有穿凿，弗能越其绳尺”。他们研究消解经学神圣性，让经学不再被当成帝制时代官学。同时他们“夷六艺于古史”，用研究历史方法看待古代经书。这样研究方法使人们可以较为客观地认识到“上世社会污隆之迹”，其影响所及，“以此
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