1901年上半年，章太炎开始重订《訄书》，
方面增加新
内容，另方面对旧作进行修改。
重订本《訄书》与初刻本《訄书》区别主要有以下几个方面：首先，增加
不少讨论中国传统学术，特别是清代学术内容；其次，增加借用近代社会科学理论来分析人类社会形态与中国古今变迁内容，这个部分主要是为从学理上论证反清g,m必要性；复次，增加、修改讨论中国历史与现实内容，使观点更为饱满，并且更有针对性；最后，删除些与今文经学有关联内容，比如《尊荀》。从影响上看，重订本《訄书》不但使章太炎学术主张更广为人知，而且进步推动g,m宣传。
在讨论中国传统学术部分，《原学》认为学术受到地理环境、政治文化与学者自身素质影响。随着世界各地交往越发便利，后人可将不同地区学术等量齐观，扩大见闻，并从政治与社会背景出发审视彼此之良莠。这其实是在主张应将视野拓宽，不必心存某种学术必须定于尊之念。也正因为如此，章太炎在重订本《訄书》中对支配中国社会两千余年儒学，特别是孔子思想展开批判。书中《订孔》就颇给人石破天惊之感。章太炎援引日人远藤隆吉之论，认为孔子地位与学识并不相符。古之六艺为晚周诸子所共闻，并非孔子人独擅。孔子“道术”其实不抵孟、荀远甚。特别是荀子，他“以积伪俟化治身，以隆礼合群治天下”，深得致用之道，其正名之学堪比古希腊苏格拉底与亚里士多德，因此“其视孔氏，长幼断可识也”。只是因为孟、荀应世之才不及孔子，加之“才与道术，本各异出，而流俗多视是崇堕之”，因此未有后者这般声誉。基于此，章太炎指出孔子地位只是“古良史也”，既非“至圣先师”，更非“教主”。此论出，引起不小波澜。时人观察到：“余杭章氏《訄书》，至以孔子下比刘歆，而孔子遂大失其价值，时群言多攻孔子矣。”
1901年，孙宝瑄在日记里记载与章太炎等人讨论如何编撰史书，章太炎认为应重视对学术史研究。在重订本《訄书》里，章太炎就加进不少讨论中国学术流变文章。比如《学变》《学蛊》《王学》《颜学》《清儒》等。《学变》主要论述从汉朝到晋朝学术变迁概况。章太炎于其中表彰王充在《论衡》里对当时各种迷信思想批判及对孔子学说质疑，称其为“汉得人焉，足以振耻”。同时他认为东汉末期法家思潮复兴是个值得注意现象，这表明在政治衰微之际，人们开始从先秦诸子思想遗产里寻找解决时代症结方法。在这之后，道家学说又被时人青睐，反映时人对乱世厌恶，希望以逍遥避世为旨归，寻找精神上依托。总之，这时期绝非儒学家独尊，而是不同学术流派依次登场，体现出中国传统学术丰富性。
在《学蛊》里，章太炎指出，北
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