汉之朔，传荀学者，独伏、贾、董、韩诸明哲耳。其后若没若灭，陵夷至于宋明耗矣。日本之有文字，昉于应神，而当晋太康，是时荀学则已失其纲纪。全都生千四百纪以后，独能高厉长驾，引其微论，钓既沉之九鼎，而出之绝渊，其学术虽在伏、贾、董、韩间，其功则隃远矣。”因此称赞照井泉都“抗希大儒，仔肩绝学，信秦汉后
人哉”。在与俞樾
信中，他亦言：“麟宗旨所在，以荀代孟，震旦儒人，鲜合兹契。惟日本照井全都箸汤武、礼乐诸论，独楬橥荀学，尊以继孔，玄照神契，独符鄙怀。”由于学术旨趣相近，章太炎度认为照井氏与自己颇似异代知音。
章太炎虽然身在台湾，但依然心系大陆，尤其是对戊戌变法失败难以释怀。他撰文追思被清z.府杀害六君子；抨击慈禧为
己之私利而断送改革前途；嘲讽张之洞政变前极力拉拢维新派，政变后却公开主张要对维新派“除恶务尽”；辨析康有为并非不忠之人，他公布光绪皇帝所谓“密诏”，无悖于为臣之道。他还给康有为写封信，并分别写诗寄予流亡海外康梁师徒，向他们表达自己关心之意，希望他们能够继续有所作为。对于章太炎来函，康有为给他写回信，感谢后者能在此刻坚持正义，支持变法运动，同时希望他不要常居台湾，而应同赴海外，共图良策。在信中，康有为甚至称章太炎为“豪杰”“同志”。章太炎收到信后专门撰文篇，强调自己与康有为“论学虽殊，而行谊政术自合也”。还十分客气地说自己“与工部（康有为）论辩者，特《左氏》《公羊》门户师法之间耳，至于黜周王鲁，改制g,m，则亦未尝少异也”。
虽说如此，但章太炎在其他文章里却不愿如此含混地看待自己与康有为之间学术分歧。1899年，他发表《今古文辨义》文，较为系统地回应与批评康有为经学主张。或许是为给康有为留些余地，他在文中并未点出康有为名字，而是将批评对象换成四川大儒廖平，因为在当时士人圈里，时常盛传康有为学术观点是因袭廖平而来，而且从表面上看，康有为与廖平之间确有不少相似之处。在这篇文章里，章太炎从经学家法、学术流变、古史记载等角度出发，批评廖平（其实是康有为）经学观点，认为其中有不少穿凿附会之处。而对于这种治学方法流弊，章太炎指出：
就廖氏之说以推之，安知孔子之言与事，非孟、荀、汉儒所造耶？孟、荀、汉儒书，非亦刘歆所造耶？邓析之杀求尸者，其谋如此；及教得尸者，其谋如彼。智计之士，身而备输、墨攻守之具，若好奇爱博，则纵横错出，自为解驳可也。彼古文既为刘歆所造，安知今文非亦刘歆所造以自矜其多能如邓析之为耶？而《移让博士书》，安知非亦寓言耶？然则虽谓兰台历史，无语可以征信，尽如蔚宗之传王乔者亦可矣。而刘歆之有无，亦尚不可知
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