M.哈蒙中校与科学家们争执不断，结果他在任职仅4个月后，就于1943年4月被撤换。他
继任者惠特尼·阿什布里奇中校明白自己工作就是尽量减少双方摩擦，让科学家们满意。阿什布里奇恰巧是洛斯阿拉莫斯牧场学校毕业生，他
直任职到1944年秋，当时因为劳累过度，精疲力竭，他犯
轻微心脏病。取代他是杰拉尔德·R.泰勒上校。所以，奥本海默在任期内经历三位陆军指挥官。
安保措施直是个令人头疼问题。陆军安全部门度在奥本海默居住“浴缸排”外面部署武装警卫，卫兵要检查所有人通行证后才能允许他们进入房子，姬蒂也不例外。但是她出门时经常忘带通行证，每次被拦住时，她都大吵大闹。不过，她发现这种安排也并非无是处，作为个总能抓住机会人，姬蒂偶尔会让卫兵们帮忙照看彼得。后来具体负责此事中士意识到这点，他就撤走卫兵。
作为与格罗夫斯将军达成协议部分，奥本海默同意任命个三人委员会负责内部安全事务。他任命他助手戴维·霍金斯、约翰·曼利及化学家乔·肯尼迪为委员会成员，他们负责实验室（T区）内部安全事务，这里被第二道铁丝网包围起来，禁止卫兵和士兵进入。内部安全委员会负责都是些日常琐事，比如检查科学家离开办公室时是否锁好文件柜。旦有科学家被发现把秘密文件留在桌子上过夜，第二天晚上他就得负责巡视实验室，抓住另个违反规定人。天，瑟伯尔看到霍金斯和埃米利奥·塞格雷正在争吵。霍金斯说：“塞格雷，你昨晚把份秘密文件落在外面，今晚你必须去巡视。”塞格雷反驳道：“那篇论文全是错误，它只会迷惑敌人。”
奥本海默直在努力不让他手下人受到“山上”安全部门骚扰。为让些人“免遭”解雇，他和瑟伯尔花大量时间商量对策。瑟伯尔谈到安全部门时说：“如果他们得逞，这里就没人。”事实上，1943年10月，军方安全调查人员曾建议将瑟伯尔夫妇遣离洛斯阿拉莫斯。联邦调查局以其典型夸大其词指控瑟伯尔夫妇“满脑子都是**主义思想，他们同伙都是众所周知激进分子”。
虽然罗伯特·瑟伯尔毫无疑问属于左派，但他在政治上从未像他妻子那样活跃。20世纪30年代末，夏洛特·瑟伯尔投身于为西班牙共和军筹款之类活动。不过，奥本海默在政治上比夏洛特更为活跃。从文献记录来看，尚不清楚军方对瑟伯尔夫妇裁定是如何被推翻，但奥本海默可能亲自出面为他们忠诚做担保。天，首席驻地安全官皮尔·德席尔瓦上尉向奥本海默询问瑟伯尔政治背景，结果奥本海默认为这无关紧要：“奥本海默主动提及他知道瑟伯尔曾积极参与**党活动，还说实际上这是瑟伯尔亲口告诉他。”奥本海默解释说，在把瑟伯尔带到
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