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科学研究方法。
第二个时期是从1944年敦煌艺术研究所成立开始至1950年改名为敦煌文物研究所之前。
在于右任先生倡导下，经过
年筹备，于1944年在莫高窟正式成立
敦煌艺术研究所，常书鸿任所长。当时研究所，在人员稀少、工作和生活条件极其艰苦背景下，做许多保护、临摹、展览工作，还对敦煌石窟做全面清理，聘请工程师盛其立测绘莫高窟南区立面图，请陈延儒工程师测绘部分洞窟平面、剖面图。至50年代，又由孙儒僩、何静珍完成莫高窟北区立面图。
研究所针对过去历次编号存在多有遗漏和混乱无序问题，做次全面有序编号。这次编号虽然也存在些不足，但较以前几次编号，有较大改进，便于使用和查找，这次编号使用至今。这时期洞窟调查、记录工作成果累累，有着重要历史价值。史岩调查完成《敦煌石室画像题识》，这是最早莫高窟供养人题记抄录汇集。1944年李浴完成《莫高窟各窟内容之调查》（未刊），对洞窟记录更为详尽。1946年阎文儒著《安西榆林窟调查报告》，对榆林窟内容做调查、登录和研究。敦煌艺术研究所将敦煌石窟内容和供养人题记调查与记录，作为项长期工作，组织多人反复调查、核对、校勘、修改和补充；调查次比次更为完善，这些资料为日后敦煌石窟内容总录和供养人题记出版奠定基础。此外，研究人员开始围绕敦煌石窟对不同领域资料进行查阅和探索。这些应看作是敦煌石窟研究开端，为日后敦煌研究发展打下坚实基础。
第三个时期是从1950年改名为敦煌文物研究所开始至1966年“文化大g,m”之前。这个时期是敦煌石窟研究发展时期，包括考古研究在内各项研究工作逐步开展起来。遗憾是，“文化大g,m”期间，敦煌石窟各项工作处于停顿状态。
这个时期，
国些考古学家探索运用考古学方法对敦煌石窟进行科学调查、记录，进而探讨排年、分期研究。50年代初，夏鼐在《漫谈敦煌千佛洞与考古学》文中，首先谈到如何将考古学运用在敦煌石窟研究中问题。1951年，宿白、赵正之、莫宗江、余鸣谦到敦煌石窟勘察，指出敦煌石窟保护中存在各种问题，提出加强保护建议，特别提出要加强对石窟建筑、壁画、塑像研究，形成《敦煌石窟勘查报告》文。
1956年，宿白著《参观敦煌莫高窟第285窟札记》，初次运用考古类型学方法，通过莫高窟第285窟壁画研究，对莫高窟北朝洞窟做分期。1957年，文化部曾经召集专家学者制订编辑出版《敦煌石窟全集》计划。
1962年9月，宿白先生带领北京大学历史学系考古专业学生到敦煌莫高窟实习。在此期间，他在敦煌文物研究所做
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