当时江苏大部分已经陷于太平军之手，因此江苏巡抚
政令不出上海孤岛。上海内部，原巡抚薛焕所辖防
年培训历练，曾国藩认为李鸿章已经可以独当
面
。
咸丰十年（1861），个千载难逢建功立业良机降临到李鸿章头上。这年十月，太平军突然进攻上海，上海官绅代表抵达安庆乞师。(46)已经开埠上海，富庶繁华，饷源充足。因为曾国荃不愿意承接这个任务，曾国藩派李鸿章前往上海救援。这件事改变李鸿章命运。因为曾国藩交给李鸿章任务不只是救援上海，同时还有个更重要任务：创建淮军。
创立淮军，是曾国藩早就有个想法。早在咸丰十年（1860），曾国藩就在《复奏统筹全局折》中提出编练淮勇计划，打算以“用楚军之营制，练淮徐之勇丁”方法编练淮军。他认为，淮北之人刚健勇悍，适合当兵。“以臣愚见，淮、徐等处，风气刚劲，不患无可招之勇，但患无训练之人。……得二名将出乎其间，则两淮之劲旅，不减三楚之声威。”(47)而这支军队，现在用于平定太平天国，将来可用于平定黄淮流域叛乱。
得到这样机会，李鸿章自然喜出望外。他迅速征召淮北带旧有团练。同治元年（1862）灯节刚过，首批淮勇就抵达安庆。
在京期间，曾国藩曾经教李鸿章作文。在幕府中，曾国藩又曾教李鸿章做人。现在，他又给李鸿章上第三课，建军。这是曾国藩教授李鸿章最重要堂课。他对李鸿章文字能力非常放心，但是对他带兵打仗本领有所怀疑。毕竟李氏在安徽数年，留下“专以浪战为能”记录。
因此曾国藩利用切时间，详细教导李鸿章如何行军，如何扎营，如何挖壕，如何待敌，亲手为淮军制定营制营规。因为担心李鸿章急躁、傲慢、任性性格误事，曾国藩“以深沉二字”相劝。淮勇到，他亲自召见分营将领，加以考察。他担心李鸿章召集来淮勇时无法练成劲旅，因此从湘军中调拨成熟得力队伍八营，供李鸿章使用，也是借湘军榜样“为皖人之倡”，陶铸淮勇风气。这样在淮军初创之时十三营中，湘军班底实际占主要成分。
同治元年（1862）三月底，李鸿章登舟起行，数日后抵达上海。
早在咸丰十年（1861）十月二十四日夜，曾国藩就曾亲拟片稿，密保李鸿章担任江苏巡抚，并称他“劲气内敛，才大心细”，实可统带军“驰赴下游，保卫方”(48)。
因此李鸿章到上海后才十七天，即三月二十七日，清廷就正式任命李鸿章署理江苏巡抚。李鸿章从此就开府方。
师徒两人分居两地，仍然通过书信，频繁地展开教与学。抵沪之后，李鸿章凡事都汇报曾国藩，“敬求训示做主”，“乞钧示”，“乞核示”。曾国藩则在信中谆谆教导，无微不至，从各方面全方位地对李鸿章进行指授。
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