虽然在回任之时心情确实不愉快，但是作为
个有胸襟
政治家，曾国藩内心明白李鸿章是最适合接替他统帅人选。曾国藩写信给朋友，对左宗棠说法予以澄清，并致信李氏兄弟，让他们不必心存芥蒂。针对李鸿章初出师不利遭遇言路弹劾局面，曾国藩坚定地表示：“如有大风波，仆自分任其愆，必不使（李鸿章）独当其咎。”(91)
交卸钦差大臣关防后，他
举。
慈禧此举扭转
祺祥政变以来蒸蒸日上步入正轨朝局。后来虽恢复奕首席军机大臣职务，但议政王称号却从此取消，再也没有恢复。“尤为重要是，经过这次打击，奕在那拉氏面前完全屈服下来，处处谨慎，遇事模棱，不敢轻易表示异同，在统治阶级中威望和影响也渐趋衰微。”(86)
朝局因此渐渐走向平庸昏乱。在曾国藩“剿”捻期间，慈禧经常瞎指挥。曾国藩在与友人书信中，更以治病求医为喻，对此痛下针砭：
夫未病之时，桓公遇扁鹊，弗之信也。既病之后，又委诸庸医，施治失序，针药杂试，攻伐溃乱，乃别求新医而试之。则疗治之疾徐甘苦，宜听新医家主张，而他人不得道谋。乃病家之妇孺臧获，竟欲掉舌伸指，指麾新医，使听命焉。虽俞、扁亦难为功，况智识短浅不如俞、扁者乎？(87)
信中之“新医”，乃曾国藩自况，而病家之指手画脚“妇孺臧获”，则影射太后、小皇帝与其周围奴才们，厌烦之情，溢于言表。慈禧小政变之后，曾国藩对她直表现出种反感情绪。
慈禧和咸丰样，对军事贯是急于求成，对僧格林沁如此，对曾国藩依然如此，有挫败，就想换人。因此才有曾李互易之举。这就让做事贯坚持到底曾国藩不得不接受半途而废局面。
李鸿章北上之时，朝廷并未指明由何人接任两江总督。朝廷上谕要求曾氏病愈后上京陛见，实际上含有另行安置之意。
李鸿章接旨后，即递上奏折，强烈建议曾国藩回任，因为“剿捻全军专恃两江之饷，若经理不得其人，全局或有震恐”(88)。自己在前督师，曾国藩在后筹饷，患难与共，休戚相关，若接替人选不当，诚恐呼应不灵。因此朝廷遂命曾国藩回两江总督本任。
曾国藩不愿意这样做。曾国藩自己想法，是以散员“留营以维系军心”(89)，与军事相始终。曾国藩是个做事追求有始有终人，既然“剿”捻，就定要坚持到最终胜利。劳师无功，遽回本任，在职位上与昔年学生彻底对调，时之间无论面子上还是心理上都难以承受。无奈朝廷坚决不准他以散员留营，他只得黯然南返。
左宗棠闻听此事十分高兴，并且放出口风：“湘淮暗分气类，即从大帅分起。”(90)希望挑动曾李矛盾。朝野上下也出现很多传闻，说曾国藩“剿”捻失败，是因为他无法驾驭和指挥淮军。李鸿章经常干预和掣肘，导致曾国藩指挥不灵。
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