，把不称职者尽行汰去，宁缺勿滥。第二步再做好长江两岸
巡守，保卫内河商船、民船航行，并认真训练人才。第三步则以狼山镇为基地，筹备外海水师，保卫海疆，抵御外寇。现在先行第
步。并说他将以此复奏军机处。彭玉麟为左宗棠光风霁月般胸襟所感动，临别时紧握老朋友手说：“今后长江水师整顿、建制等方面，还请你多多指导。”左宗棠当仁不让地点头应允。
官文也给曾国藩、彭玉麟来
信，说
大清王朝早就应该建海军，长江水师已是海军雏形，理应改为经制之师，永远存在下去。又说自己于水师不懂，假若今后真兼海军统领，那是无比荣幸事，还请曾、彭多多辅佐，共创伟业。
曾国藩、彭玉麟阅后，会心笑。
杨岳斌接到军机处咨文后十分激动，连夜命幕僚起草，以最坚定态度支持此事。并说它将是中国千古未有之大事，必会使宣宗爷、先帝含笑于九泉。又说自己宁可不当陕甘总督，愿去改制后水师充当个偏裨将校。
刘长佑、骆秉章、毛鸿宾都明确表示赞成此事。只有年迈劳崇光态度比较含糊，既表示同意，又说要慎重，读完全篇，也不知他究竟是赞成还是不赞成。不过，劳崇光在七位总督中地位，只与毛鸿宾相上下，都是属于没有战功类，远不如左、杨、官、刘、骆，何况他也没有明白反对。
长江水师改为经制之师，就这样顺顺当当地通过。皇太后接受左宗棠建议，筹建海军事暂缓，先把水师整顿好，以巡守长江为主要职务。更令他们兴奋是，朝廷任命彭玉麟为统领，并没有官文名字，那个好名大学士空喜场。
彭玉麟日夜与黄翼升、李朝斌等人计议，拟出个章程：统领之下设提督两员，由黄、李分任；建岳州、汉阳、湖口、瓜州、狼山五镇，设总兵五人；立营二十四个，战船七百七十四号，营官二十四员，哨官七百七十四员，兵士万二千人。鉴于水师中受赏大衔很多，而实际营哨官只有八百来名，僧多粥少，不够分配，彭玉麟又想出个点子：以大衔借补小缺。按衔高低排，同衔按资历排。这样排下去，许多衔位高达参将、游击，也只能当千总、把总。虽略觉委屈，他们也乐意。衔是空，职务才是实，千总、把总虽低，总比那些有衔无职要强多。长江水师原有二万人，彭玉麟对这支人马作整顿。没有战功，疲沓，走私，吸食鸦片，有结党嫌疑，统统予以裁撤。长江水师开始有新气象。曾国藩对彭玉麟整顿完全放心，他自己则把主要精力放在吏治上。
他素来服膺王阳明“破山中贼易，破心中贼难”观点，认为正人心、厚风俗、扭转世风要比破长毛下金陵更难，而世风好坏主要系于当政者。最高当政者以自己人格和才能为表率，默运于渊深微漠之中，慢慢地引起身边人效法，再向全国各级官吏推
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