菌们天衣无缝地与它们
寄主演绎着囚徒困境。
们没有理由不采用阿克塞尔罗德理论——善良、宽容、不嫉妒等等，来研究它们策略。阿克塞尔罗德和汉密尔顿指出，那些无害且有益细菌可以在人们受伤时，变成有害甚至致命败血症。医生会说人体“自然抵抗能力”在受伤时会下降。但也许真实原因正是囚徒困境博弈。在人体内，细菌是否有所收获，同时也不停检验其回报呢？在人体和细菌博弈中，“未来阴影”通常很长，因为
个普通人可以在任何起始点活上很多年。然而，个严重伤者则可能给其寄生菌带来较短未来。“背叛诱惑”突然比“互相合作奖赏”更有诱惑力。当然，细菌在他们邪恶小头脑里可以没有计算这些东西！代代细菌自然选择已经将它们培养成个无意识生物，首要任务是以生物化学来维系生命。
根据阿克塞尔罗德和汉密尔顿分析，虽然植物明显没有意识，但它们甚至会懂得复仇。无花果树和榕小蜂便享有紧密合作关系。们所吃无花果其实不是果实，无花果顶端有个小洞，如果你可以缩小成榕小蜂尺寸，进入这个小洞（榕小蜂非常小，小得当们吃无花果时都不会注意到它），你可以看见无花果壁上有许许多多小花。无花果其实是个花朵们阴暗温室与授粉房间，而授粉过程则要靠榕小蜂来完成。无花果树为榕小蜂提供栖息地，而榕小蜂则在这些小花里产卵。对于榕小蜂来说，“背叛”指是在无花果内许多花朵中产卵，使得它们无法互相授粉。无花果树如何“报复”呢？阿克塞尔罗德和汉密尔顿说：“许多情况下，如果榕小蜂进入棵年轻无花果，却不为花朵授粉，而是在大部分花朵中产卵，无花果树将除去这颗还处于生长中无花果，使得所有榕小蜂后代都走向死亡。”
艾瑞克·费希尔（EricFischer）则在海鲈鱼——种雌雄同体鱼身上发现
个奇怪现象，这正好说明自然界“针锋相对”。与们不同，这种鱼性别不是由生命孕育时染色体所决定。每条鱼都有雄性与雌性功能，交配时可以选择产生卵子或精子。他们双双缔结夫妻组合，轮流交换性别分饰雌雄角色。们也许可以推测，由于雄性角色相对方便，海鲈鱼也许更愿意饰演雄性角色，而逃离合作关系。也就是说，如果其中只鱼可以成功劝服伴侣持续饰演雌性角色，它就可以逃离其对孵卵生产责任，而将资源投入其他事情，比如和其他鱼交配等。
事实上，费希尔却发现海鲈鱼以种严格轮换机制进行其繁衍过程。这就是们所预料“针锋相对”。这个博弈正是个真正囚徒博弈，虽然有些复杂，但这说明鲈鱼们为何采取这个策略。在这里，“合作”表示当轮到时扮演雌性角色，“背叛”则是在轮到时试图扮演雄性角色。这种“背叛”很容易引起
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