章太炎晚年讲学之余，依然对国事十分关心。1935年“
二·九运动”爆发后，章太炎公开致信时任冀察政务委员会委员长
宋哲元，强调：“学生请愿，事出公诚。纵有加入共党者，但问今之主张何如，何论其平素？”劝告宋哲元不要由于这场运动是由中国**党领导就去镇压游行学生，因为这场运动是为
抗议日本侵华、抗议南京国民z.府绥靖政策，属于爱国行为。在章太炎看来，只要具有爱国思想，只要反对日本侵华，都应采取鼓励与支持态度。对此，已经加入中国**党章门弟子吴承仕评论道：“对于语言文字学、经学、诸子学有绝大开发绝大贡献章太炎先生，本来是个精通佛学绝对唯心论者，在他功成名立年将七十晚年，自然而然会走上那‘复古运动’挣扎之途；从表面看来，似乎与现时规复祀孔、整理祭田、提倡四维八德等：是互相唱和着；更使前进青年们，对他发生不快之感。但是
们应该知道：他民族意识，是最敏感最坚固最彻底；同时他那不屈不挠节操，经过坐牢三年软禁年绝食七日种种艰苦，到现在仍旧保持不变。”1936年6月，章太炎给蒋介石写信，劝告他不要低估日本侵华野心，要全盘考虑如何保卫北方国土，避免日军步步紧逼，得寸进尺。鉴于蒋介石当时仍不放弃“剿共”，将大批部队投入西北，致使华北渐成空虚之势，章太炎建议蒋介石应以民族存亡为重，与其坐视国土沦丧，不如让中国**党领导军队开赴绥远抗日，“使察、绥二省，同为日有，不如以省付之共党之为害轻也”。
在写这封信时候，章太炎身体状况已越来越糟糕，在给章氏国学讲习会学生讲《说文》期间，因鼻衄病急，加之气喘病发作，严重时连进食都困难。不过他仍坚持上课，强调“饭可不食，书仍要讲”。1936年6月14日，章太炎因鼻衄病与胆囊炎病逝于苏州，终年69岁。在去世前，他曾立下遗嘱，其内容是“设有异族入主中夏，世世子孙毋食其官禄”。
章太炎去世后不久，张继、于右任等党国要人来到苏州，与章太炎家人商讨为章太炎举办追悼会事宜。冯玉祥、李烈钧、张群、张学良、杨虎城、孙科、于右任、蔡元培等人也发来唁电或挽联。蒋介石特意“开政治会议，议决国葬章炳麟”。7月9日，南京《中央日报》刊出则公告，其文曰：“宿儒章炳麟，性行耿介，学问淹通。早岁以文字提倡民族g,m，身遭幽系，义无屈挠。嗣后抗拒帝制，奔走护法，备尝艰险，弥著坚贞。居恒研精经术，抉奥钩玄，究其诣极，有逾往哲。所至以讲学为事，岿然儒宗，士林推重。兹闻溘逝，轸惜实深！应即依照国葬法，特予国葬。生平事迹存备宣付史馆。用示国家崇礼耆宿之至意。此令！”在此之前，中央日报社社长程沧波专门撰文纪念章太炎，在概述其生平之后，感慨道：“
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