1916年6月，称帝不到
百天
袁世凯在全国声讨、众叛亲离中死去。不久之后，章太炎重获自由，他离开北京，来到上海，随后又至浙江扫墓。在浙江期间，对于时局，他这样说：“袁氏既亡，黎总统已有明令恢复约法，召集国会，此后民国基础当可牢固。”但是他也很清楚，“国会既不得国民为之后援，复无军队为其保障，则八百之议员虽日日开会，日日议决，其能强z.府以必从耶？”因此，他与孙中山、黄兴等人再次合作，积极联络各方力量，筹备z.府，组建军队，对抗与袁世凯关系紧密北洋军阀。此时北京国会以投票形式追认段祺瑞为国务总理，将其推上中国政坛中枢，大有替代袁世凯而成为北洋系新盟主之势。总统黎元洪缺兵少权，无法对抗段祺瑞。眼见此状，章太炎南下广东会晤岑春煊，希望他能加入对抗北洋军阀队伍。但两广军政大权此刻正掌握在旧桂系军阀陆荣廷之手，陆氏依违于各方，不愿公开对抗北洋系，因此章太炎只好另图他策。
自清末起，g,m党就与南洋华侨保持着紧密联系，后者对g,m事业支持甚多。1916年10月，章太炎应当地华侨之邀赴南洋游历，联络g,m党在当地力量，同时宣传自己政治主张。他在槟城演讲中强调，“今之帝党，自知恶积罪盈，永难齿于人类，非与民党相仇，急图报复，必无存活之理”。因此，他劝当地华侨不要受到北洋系及其依附者蛊惑，而应积极支持g,m党活动。1917年初，段祺瑞与黎元洪之间以中国是否出兵参加第次世界大战为焦点，爆发“府院之争”。向来为章太炎所支持黎元洪为
对抗段祺瑞，不惜与徐世昌、王士珍、张勋等人联合，并邀请张勋带兵进京，调和府院两方。张勋到京之后不但主张要让所谓“督军团”来主导政局，还极力打压国民党在京势力，甚至策划导演让清逊帝溥仪复辟闹剧，章太炎长期批判对象康有为也积极参与其中。这让章太炎极为愤怒，他响应孙中山号召，南下参加旨在保卫共和“护法运动”。他强调：“夫共和国家，以法律为要素，法存则国存，法亡则国亡，合法者则为顺，违法者则为逆，持法字以为标准，则可判别切顺逆矣。”他所谓“法”，就是以宪法为象征“法统”，即z.府合法性所在，类似古代“正统”。秉持此见解，他主张：“经略中原，使黎总统（黎元洪）复职，旧国会重开，倡乱群凶俱获正法，约法效力乃见真行。”
1917年9月，因不满北洋系而南下原国会议员在广州开会，选举孙中山为中华民国军z.府大元帅，孙中山任命章太炎为大元帅府秘书长。不过，军z.府基础其实很不牢靠。孙中山除有批追随者，基本上没有能直接指挥军队，因此必须依靠西南军阀力量。而陆荣廷、唐继尧等西南军阀愿意和孙中山合作，是为让孙中山帮自己牵制北
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