孔融被杀后，
些人或为之感到惋惜，或为之抱不平，时间议论纷纭。为缓和社会舆论，曹操又下
令，宣示孔融罪状：
。这则是对曹操
个重大战略行动表示非议。
由于粮食歉收，而部队对粮食需求量越来越大，造成供需矛盾。为节约粮食，曹操下令禁酒，孔融却再上书反对。曹操加以解释，孔融不但不听，相反颇多侮慢言辞。
孔融又曾上过篇《宜准古王畿之制》表文，主张“千里寰内，不以封建诸侯”，即京都周围千里以内地方，归朝廷直接管辖，其目是要尊崇献帝，扩大汉室实权，限制曹操势力膨胀。当时曹操正封着“武平侯”，武平属陈郡，距许都仅三百里左右，如按孔融所说去办，曹操就得徙封，到边远地方去享受食邑。
对于孔融上述言行，曹操内心是十分反感，但因孔融名重天下，只得表面上容忍。但曹操终究担心孔融言行会对自己统大业造成妨碍，因此，产生予以制裁想法。光禄勋郗虑同孔融有矛盾，这时见机行事，迎合曹操旨意上表奏免孔融官职。曹操利用这机会，让军谋祭酒路粹代笔，给孔融写去封信敦促他同郗虑重新和好。但在信末尾，曹操,bao露自己本意：
孤为人臣，进不能风化海内，退不能建德和人，然抚养战士，杀身为国，破浮华交会之徒，计有余矣。
意思是，自己虽进不能对天下人民施行教化，退不能树立恩德让人们和睦团结，但打击那些专以浮华文辞谤议、彼此互相交结人，办法还是很多。这实际是对孔融提出警告，要他今后言行多加注意。孔融回曹操信，表示要同郗虑“修好如初”，并说将对曹操“苦言至意，终身诵之”。孔融降低调门，事情得以暂时平息。
年后，孔融重新被任命为太中大夫。但其本性不改，甚至变本加厉地同曹操作对。建安十三年（208），孔融当着孙权使者面诽谤曹操。曹操正准备以武力南征荆州，孔融却说“文德以来之”，要曹操施行礼乐教化以使南方敌人自动前来归顺。对于这些言论，曹操终于再也不能容忍。他起用郗虑为主管弹劾、纠察御史大夫，郗虑立即收集孔融些言行以“构成其罪”，并让路粹上表启奏，表文中说孔融“招合徒众，欲规不轨”，“谤讪朝廷”，“大逆不道，宜极重诛”。表章奏上，曹操立即下令将孔融逮捕处死。
孔融有男女两个孩子，男孩九岁，女孩七岁。当孔融被抓时，两人正下棋，竟然端坐不动。旁边有人问道：“父亲被抓而不起身，这是为什
呢？”
回答说：“哪里见过巢毁而卵不破事情呢？”
意思是父亲死，他们肯定也是躲不过这劫。有人将这事报告曹操，曹操唯恐留下祸根，于是又下令将两个孩子也杀。两个孩子临刑时，面不改色，镇定自若，周围人看，无不为之感到悲痛。
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