两个教皇相互宣布将对方驱逐出教，竟管全部主教都支持克莱芒，但罗马形势太危险，后者决定迁回阿维尼翁。于是教会史上
大分裂开始
。支持克莱芒有，法国、撒丁国、西西里、那布勒斯、德国南部和西部公国，苏格兰。支持乌尔班有，其它德意志公国，中北部意大利，佛莱芒、英国、东部和北部国家。这
分裂持续到1417年。
乌尔班6世性情乖劣，1388年，据称他被人毒杀。
克莱芒则在阿维尼翁继续执政，当乌尔班死后，他支持选出博尼法斯9世作为继任，不久后克莱芒突然死去，留下个极其混乱局面。
博尼法斯从不为罗马接受到逐渐在罗马站住脚，他开始建天使堡，以象征教皇权威。在法国国王查理六世支持下，他开始与克莱芒7世和其继任贝诺瓦8世磋商，1404年，他死当天，正好有个从阿维尼翁来代表团抵达罗马。
贝诺瓦8世同样致力于教会统，甚至表示如果需要他可以辞职。但当法国人以此逼他下台时，他则拒绝，因此他被禁隔于阿维尼翁，但他还是寻机逃走。在西班牙人和法国人文主义者支持下，他继续自已事业。
在博尼法斯死后动荡两年中，英诺森7世继任，他拒绝与他对手贝诺瓦会面，后者宣布将他逐出教会。其后，罗马为雇佣兵洗掠，英诺森也躲到维特博，但他坚持让他辞职要求，当他死后，君士坦丁堡拉丁大主教、位71岁威尼斯人继任，取名格雷高利12世。大主教会议宣布，如果贝诺瓦辞职话，格雷高利同样可以辞职，以维护教会团结。但比萨大公会却宣布解除格雷高利教皇之职，另选出位亚历山大5世作教皇。格雷高利此时依然占据着罗马教皇之位，时出现三个教皇。
法国对此严重不满。贝诺瓦宣布将查理六世国王驱逐出教会，并自已迁到西班牙。1409年，比萨大公会宣布将贝诺瓦解决教皇之职，但尽管如此，还是有许多公国表示对其忠诚。西罗马帝国皇帝，西格斯蒙，同时也是名义上罗马王，在康斯坦斯组织次大公会，以图结束教会分裂。他首先要求格雷高利辞职，后者顺从，然后，他与贝诺瓦进行会晤，后者坚决不从，但他亲信逐渐众叛亲离，大公会1417年正式宣布将其解职。
亚历山大5世就任后不久即死去，那波里人巴尔塔扎科萨被选为让23世。他得到美弟奇家族支持。当他被召至康斯坦斯时，他明白自已要被其选民牺牲掉，当贝诺瓦和格雷高利均屈服时，让却选择逃跑。但还是很快被抓回，被接受羞辱审判和四年监禁。出狱后，他选择臣服于马丁5世，教会分裂由此告段落。
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