接着兵部下达
军令，部署水师舰队，应于武德二年底之前、攻占壹岐岛，并在港口修筑棱堡、仓库。
太监王景弘下西洋
海船舰队回京之后，目前在太仓刘家港、龙江港已经聚拢大明朝已有主力舰队。朝廷预计征日水陆主力，将于明年三月初启航。
诸臣多次总结元军征日失败原因，选定三月初出发，
则因为季风有利航行，二则因为三四月日本国西海岸，很少出现台风。
大明朝廷在粮草补给方面，联合朝鲜国负责粮秣辎重，也做长期充分准备。
相比元军贸然出动、轻敌草率，以及大量俘虏降兵组成征日军队，并以平地沙船为主拼凑海船、抗风浪能力很差；这次明军显然是来者不善。
明军消灭宗氏、以及对马岛倭寇之后，又有钱习礼等使节行人，下落不明。在此之后，明日两国便没有交流。
如果按照以往经验、看待武德二年大明日本来往，人们可以推测，这样事多半最后是不之。洪武年间，因为日本国使团涉嫌参与胡惟庸案，国家关系度紧张，后来也没有结果。
盖因水远路遥，来往不便；且任何国家朝廷，也很难只因为道理上对错、上层喜怒，而大动干戈。毕竟成本太高，代价太大。
大明开国以来，安南国、日本国，以及西南边陲各个土司，都曾多次挑衅大明朝廷，也都不曾有下文。唯有太宗皇帝亟需展现武功，又判断安南国胡氏乱政时期有机可乘；才因护送陈天平人马被袭击之事，发动大规模征安南国之役。
所以日本国上层，可能也认为不会有大战。但是，这次日本国似乎对形势是种误判。朱高煦决定发动征日之战，主要也不是因为使臣被扣等问题，他理由很难被世人所理解。
大明水师战船，是专门用于航海各种精良海船，尖底大船稳当坚固；水师几度远航，有着丰富航海经验，有包括牵星定位、海图绘制等手段航海技术。陆师两万将士，也是京营百战精锐；并在攻打安南国清化府时，有过登陆作战
第二次廷议，已经过去将近个月。
在皇帝决心下，又有干心腹谋臣支持朱高煦、并为之出谋划策，于是朝廷终于决策对日开战大事。
朝中仍有不少反对声音，些大臣主张将兵事重点、放在蒙古方向，不应该四面开战；但大明此时皇帝，仍然有乾坤独断大权。
诏书也颁布，其中指责日本国室町殿，二十大新旧罪状。包括包庇倭寇劫掠军民、非法扣留大明使节、无故屠杀大明水师官兵、欺君、谋刺太祖等。
同时朝廷派遣使节、前往朝鲜国汉城，下旨朝鲜国国王李芳远：最迟应在武德三年四月初之前，于釜山镇囤积两万大军三月粮草之需。并于七月日之前，继续调运另外三月之粮。而大明朝廷将会以赏赐礼物方式，回报朝鲜国王。兵部、户部都派*员去朝鲜国，监督此事切实执行。
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