常严重，且难以控制。
最可怕
是地质灾害。莫高窟建造在砂砾岩体中，且位于甘肃省河西地震区边缘。在自然营力缓慢侵蚀与历史上各类突发地质灾害叠加作用下，开凿洞窟较多岩层存在着许多纵向和横向裂隙，风蚀、雨蚀致使裂隙发育加剧，破坏
岩体赖以固结泥质、钙质胶结物。
千多年时间，引起莫高窟立面岩体局部垮落、坍塌，些洞窟甬道和前室部分已不存在。这种状况，在1964年加固工程之后得到缓解，不稳定脆弱岩体得到加固，阻止岩体坍塌。
还有种灾难就是人为导致破坏，最典型就是臭名昭著华尔纳之流剥离、盗窃敦煌壁画行径。1923年9月，华尔纳行从西安出发，第次代表美国哈佛大学福格艺术博物馆在中国实地考察。这支考察队轻车简从，只带滑膛枪、自动手枪、地图、化学药品以及照相器材。这是次蓄谋已久文物盗窃，华尔纳开始就瞄准中国美术品。他相信，只要带回实物壁画，就能在哈佛大学实验室帮助下，弄清唐朝壁画名家所使用颜料及其来源，解答艺术史上些难以捉摸问题。华尔纳利用特制化学胶布粘取26方最为精美壁画，还盗走几尊经典彩塑。
严重人为破坏还有哥萨克士兵在洞窟里肆意破坏。俄国“十月g,m”后，沙俄旧部阿连阔夫率领阿尤古斯军团败退中国境内，新疆督军古达云运筹帷幄、决胜千里，在与阿连阔夫所率领哥萨克军队经过番惊心动魄较量之后，最终使其解卸武器。当时新疆督军遵守国际公约，应他们要求护送阿尤古斯军团踏上前往第三国征程。但因时局动荡，北洋z.府当局恐战火再起，便于中途令其滞留甘肃敦煌。因此1922年，在愚昧无知官吏操纵下，莫高窟些洞窟变成哥萨克士兵营地。莫高窟曾度关押数百名哥萨克士兵，他们居然在洞窟中烧火做饭，烟熏火燎，胡乱刻画，造成洞窟壁画毁坏。
此外，度也有敦煌当地人进洞点火做饭，甚至把洞窟充当羊圈，还有在壁画上乱写乱画。王道士除出卖藏经洞文书之外，为方便往来各个洞窟，他居然在洞窟之间打穿洞，以开辟行走通道，极大地破坏许多洞里壁画。常书鸿先生主持敦煌文物研究所工作之后，实施封洞。现在
们还能在莫高窟看到被封堵上王道士穿洞。
此外，如果管理不善，旅游对莫高窟也势必会产生负面影响。
莫高窟在历史上是供奉佛陀殿堂，是佛教徒参拜场所，本不具备开放博物馆条件和功能，又不能按照博物馆展陈要求进行任何改造。莫高窟大多数洞窟空间狭小，据统计，面积在100平方米以上大型洞窟仅18个，50—100平方米洞窟21个，25—50平方米洞窟41个，10—25平方米洞窟123个，10平方米以
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